Когда вам необходимо проверить диск с ntfs в linux, можно использовать команду fsck. для работы с диском ntfs, вам необходимо установить следующие пакеты:
ntfs-3g
ntfs-config
ntfsprogs
testdisk
после установки пакетов мы можем запускать fsck: 
fsck /dev/sdb1