Не всегда есть необходимость сохранять всю директорию. Для бэкапа в linux системах зачастую используют команду tar. Таким образом для сохранения бэкапа с исключением можно использовать команду

tar -czvpf /var/www/site/data/site.tar.gz —exclude /var/www/site/data/www/site.ru/wp-content/uploads/* /var/www/site/data/www/site.ru

где

с — создать архив

z — сжать архив  с помощью gzip

v — показать список сохраняемых файлов

p — сохранить владельца

f — использовать файл для архива

exclude — исключить