Если вы не можете понять откуда берется конфигурационный файл php, вам необходимо выполнить следующую команду: 
[[email protected]/etc/mysql]# php -i | grep «Loaded Configuration File»
Loaded Configuration File => /etc/php.ini
Как видите файл находиться в /etc/
Так же возможны проблемы, например когда конфигурационного файла просто нет:
[email protected]:/etc/mysql# php -i | grep «Loaded Configuration File»
Loaded Configuration File => (none)