Если вам необходимо установить ioncube на сервер Linux Centos 6, используйте репозиторий:
wget -q -O — http://www.atomicorp.com/installers/atomic |sh
Соглашаемся со всеми вопросами, и далее можем установить ioncube:
yum install php-ioncube-loader
После этого перезагружаем httpd и получаем:
PHP 5.4.33 (cli) (built: Sep 23 2014 13:11:06)
Copyright (c) 1997-2014 The PHP Group
Zend Engine v2.4.0, Copyright (c) 1998-2014 Zend Technologies
    with the ionCube PHP Loader v4.4.1, Copyright (c) 2002-2013, by ionCube Ltd.
Есть проблемы с установкой и настройкой Linux сервера ? Обращайтесь — office@itfb.com.ua