Если вам необходимо перевести одну таблицу с myISAM на InnoDB, можно воспользоваться следующими командами.
Для начала сделаем дамп таблицы, если чтот пойдет не так: 
mysqldump -Q -c -e -u root -p dbtest test > test.sql
После этого можем зайти в mysql под рутом и конвертировать таблицу:
ALTER TABLE dbtest test ENGINE = INNODB;
Есть проблемы с администрированием баз данных Mysql ? Обращайтесь — office@itfb.com.ua