Если на вашем сервере вроде бы нормальная загрузка по памяти и процессору, но все равно есть проблемы с производительностью — первое что надо проверить — это загрузку дисковой подсистемы. 
Для этого в Linux необходимо использовать утилиту iotop. Устанавливается она просто:
yum install iotop
И имеет всего несколько параметров:
-r обратная сортировка, то есть от менее активных процессов к более активным;
-q используется для выхода.
Если у вас есть проблемы с установкой и настройкой сервера linux, обращайтесь — office@itfb.com.ua