SQLite отлично подходит для тестирования и создания среды разработки, или для встраивания в приложения. MySQL является достойной (крупно размерной) БД для использования в производственных средах.

SQLite:

  • Легче настроить
  • Отлично подходит для временных БД (базы данных для тестирования и разработки)
  • Отлично подходит для быстрого развития
  • Отлично подходит для встраивания в приложения
  • Отсутствует управление пользователями
  • Не имеет особых настроек производительности
  • Не очень хорошо масштабируется.

MySQL:

  • Гораздо труднее и сложнее в настройке
  • Лучшие возможности для настройки производительности
  • Хорошо масштабируется, если настроен правильно
  • Может управлять пользователями, разрешения и т.д.

Что лучше это субъективное мнение и однозначно ответить на этот вопрос нельзя. Все зависит от условий и различных факторов. Кому-то подойдет SQLite кому-то  MySQL.