Применяется ли лимит в 500 000 объектов к версии Azure AD Free, если я использую Office 365?

Нет. Обычно экземпляр Azure AD с бесплатными учетными записями пользователей ограничен количеством в 500000 объектов (не только учетных записей пользователей). Для удаления лимита вам нужны версии Azure AD Basic и выше. Однако если вы используете подписку абонента Azure AD с Office 365, тогда лимит в 500000 объектов также удаляется, поскольку Office 365 создает массу объектов в Azure AD. Процесс описан в документе по адресу: https://www.microsoft.com/en- us/cloud-platform/azure-active-directory-features.