Проблем может быть несколько, начнём с самого простого решения:

yum clean all

Этой командой мы очистим весь кэш для yum, после этого можно попробовать обновить сервер. 

Следующий шаг, отключить ipv6:

sysctl -w net.ipv6.conf.default.disable_ipv6=1

sysctl -w net.ipv6.conf.all.disable_ipv6=1

После этого попробовать запустить обновление. 

Еще один способ, проверить репозитории:

[base]

name=CentOS-$releasever — Base

mirrorlist=http://mirrorlist.centos.org/?release=$releasever&arch=$basearch&repo=os

#baseurl=http://mirror.centos.org/centos/$releasever/os/$basearch/

gpgcheck=1

gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-CentOS-6

#released updates 

[updates]

name=CentOS-$releasever — Updates

mirrorlist=http://mirrorlist.centos.org/?release=$releasever&arch=$basearch&repo=updates

#baseurl=http://mirror.centos.org/centos/$releasever/updates/$basearch/

gpgcheck=1

gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-CentOS-6

Так же очень часто проблемой становиться фаервол:

service iptables stop

Если вам необходимо установить и настроить сервер linux, обращайтесь — office@itfb.com.ua